W 1210 r. książę gdański Mściwój I uznał zwierzchnictwo króla duńskiego Waldemara II, które trwało jednak tylko do roku 1212. W 1248 r. wnuczka Mściwoja (córka księcia tczewskiego Sambora II), wspomniana wyżej Małgorzata, wyszła za mąż za Krzysztofa I, który w 1252 r. został  królem Danii. Po jego śmierci (w 1259 r.) rządziła Danią do uzyskania pełnoletniości przez ich syna i następcę Eryka Klippinga (w roku 1264). Zmarła w 1282 r., pochowana w Bad Doberan kolo Rostocku.

W roku 1458, w czasie wojny 13-letniej, burmistrz Gdańska Rajnold Niederhof w imieniu króla Kazimierza Jagiellończyka osobiście wypowiedział wojnę królowi Danii Chrystianowi I z dynastii Oldenburskiej. Wcześniejsza porażka Duńczyków w starciu z gdańszczanami pod Bornholmen i wzmożenie gdańskich ataków na morzu, doprowadziły w tym samym roku do zawarcia w Gdańsku zawieszenia broni między Polską i Danią, która przestała pomagać Krzyżakom.

Najsławniejszy budowniczy dawnego Gdańska, Niderlandczyk Antoni van Obberghen (w służbie miasta w latach 1586-1611), twórca Ratusza Staromiejskiego, wspaniałej Zbrojowni i wielu innych dzieł, przybył do Gdańska z Danii. Wsławił się tam przebudową słynnego zamku Kronborg w Elsynorze (Helsingör), nazwanego „Zamkiem Hamleta”.

Dla odmiany jeden z najwybitniejszych kompozytorów dawnego Gdańska, Kacper Förster Młodszy, po pobycie w Warszawie, gdzie był członkiem Kapeli Królewskiej, pojechał w 1652 r. do Kopenhagi, by przez trzy lata być ozdobą tamtejszej Kapeli Królewskiej. Śmierć ojca w 1655 r. zmusiła go do powrotu do Gdańska, gdzie objął po nim stanowisko kapelmistrza Kapeli Rady. Większość rękopisów jego utworów przechowuje Biblioteka w Uppsali.

Gdański astronom Jan Heweliusz (1611-1687) znał i kontynuował prace, prowadzone przez duńskiego astronoma Tychona Brahego (1546-1601) w obserwatorium na wyspie Hven. O kontynuacji świadczą nawet nazwy obserwatoriów:  „Gród Uranii” Tychona i „Gwiazdogród” Heweliusza. Inny gdański uczony, pionier termometrii Daniel Gabriel Fahrenheit (1686-1736), współpracował w Kopenhadze z Ole Römerem (1644-1710).

W 1795 r. Duńczyk Sören Björn zaczął zalesiać ruchome wydmy na Stogach. Akcję prowadzono systematycznie – z przerwami w okresie napoleońskim – do r. 1829. W tym czasie odtworzono już las aż do Krakowca. Syn Björna w latach 1820-tych wybudował gospodę na zachodnim krańcu pięknego Jeziorka Leśnego, lub Borowego, którego nazwę (Heidsee) spolszczono po wojnie na bezsensowny „Pusty Staw".

Pierwszymi dyrektorami założonej w 1817 r. w Gdańsku Szkoły Nawigacyjnej, pierwszej w Prusach (i na ziemiach polskich), byli Duńczycy. Na początku obowiązki dyrektora pełnił jej organizator, Ludolf Herman Tobiesen, po nim, od roku 1819 – komandor Michael Bille, długoletni oficer duńskiej marynarki, wykładowca Duńskiej Akademii Morskiej. Za jego dyrekcji (w 1826 r.) szkoła uzyskała nową siedzibę przy ul. Karpiej, niestety niezachowaną, a liczba studentów wzrosła od 40 do 120. Kolejnym dyrektorem był w latach 1838-1842 Norweg Hain Lous, a po nim jeszcze jeden Duńczyk Dierckinck Holmfeld.